畜禽糞便和獸用醫療垃圾以及病死動物的處理是規模養殖場重要的污染源，往往導致大量病原微生物的孳生及病原體的擴散，從而使疫病發生率上升。畜禽污染處理是畜禽健康養殖十分重要的一環。解決污染的方法：

(1)對于畜禽規模養殖場必須建有對畜禽糞便、廢水和其他固體廢棄物進行綜合利用的化糞池、沉淀池等設施，圈舍內設有排污的通道和設施。

(2)對于養殖規模較小的養殖場要結合新農村建設、實行“三改”，有效解決畜禽糞便的污染。對于無“三改”條件的養殖戶應有與養殖規模相適應的糞便堆積處，以便對畜禽糞便進行堆積發酵，以殺滅糞便中的細菌、病毒、寄生蟲卵及其他病原體，以保持良好的衛生環境。對于獸用醫療垃圾和病死動物，要按照《病害動物和病害動物產品生物安全處理規程}(CB16548—2OO6)規定處理。